مرتضی فنونی‌زاده، پیشکسوت پرسپولیس یکی از منتقدان اصلی یحیی گل‌محمدی محسوب می‌شود. او با اشاره به شکست پرسپولیس مقابل الدحیل هفته پایانی رقابت‌های فوتبال لیگ قهرمانان آسیا و حذف از این رقابت‌ها می‌گوید: «من ناراحت هواداران پرسپولیس هستم که برای پیروزی و صعود تیم محبوبشان به مرحله بعدی لیگ قهرمانان آسیا لحظه شماری می‌کردند اما آقایان کاری کردند که تمام رویاها و آرزوهای آنها بر باد برود. پرسپولیس در طول ۹۰ دقیقه جریان بازی و وقت‌های اضافی چه کار خاصی انجام داد؟ چه تاکتیکی داشت؟ برنامه این تیم برای گل زدن چه بود؟ برای اینکه بتواند از لایه‌های دفاعی الدحیل عبور کرده و موقعیت‌سازی کند تمرینی انجام داده بود؟ پرسپولیس برای انتقال توپ از دفاع به حمله کار مثبت انجام نداد. پرسپولیس با دو هافبک دفاعی بازی کرد، این دو هافبک روی هم رفته ۷۰ سال سن داشتند، یکی از آنها سرباز بود که معلوم نشد چطور در پرسپولیس ماند و دیگری سر نخواستن او دعوا بود و هیچ کدام از تیم‌های لیگ برتری وی را نمی‌خواستند اما چند 10 میلیارد پول گرفت و پرسپولیسی شد. اگر یحیی گل‌محمدی جای این‌ها بازیکنان جوان را به میدان می‌فرستاد، بازدهی بهتری داشتند. من نمی‌دانم دلیل بازی کردن آنها چه بود؟ اگر پرسپولیس برای صعود به مرحله بعدی این رقابت‌ها نیاز به بازی داشت چرا با سه مهاجم بازی نکرد؟ به خدا مایه تاسف است که پرسپولیس در خانه و مقابل ۷۰ هزار تماشاچی حرفی برای گفتن ندارد! پرسپولیس دو گل خورد و چهار گل دیگر نخورد. اگر بیرانوند درون دروازه پرسپولیس نبود یک فاجعه بزرگ در ورزشگاه آزادی ثبت می‌شد.»
مدافع سابق پرسپولیس گل‌محمدی را عامل این حذف معرفی می‌کند: «یحیی گل محمدی عامل اصلی شکست پرسپولیس و حذف از لیگ قهرمانان آسیا محسوب می‌شود. پرسپولیس به تفکرات اشتباه او باخت. من دوست ندارم از واژه اخراج برای گل‌محمدی استفاده کنم اما اگر جای او بودم بعد از سوت پایان بازی از هواداران پرسپولیس عذرخواهی کرده و و استعفا می‌دادم! آقای گل‌محمدی حالا وقت قهر کردن است نه سه هفته پیش! حالا به خاطر شکست پرسپولیس و این آبروریزی بزرگ باید قهر کنید و بروید نه اینکه به خاطر پول تمرینات را تحریم کنید و با روح و روان هواداران بازی کنید.»
