درباره آینده کاری سبحان خاقانی با استقلال نیز شک و تردیدهای بسیاری وجود دارد و حتی صحبت از حضور این بازیکن در باشگاه ذوبآهن اصفهان نیز به گوش رسیده است. خاقانی که میداند استقلال مأمنی برای ادامه حیات او در فوتبال ایران نیست و باید به عنوان یک مهاجم درجه دو یا سه به ادامه حضور دراستقلال بنگرد، به دنبال رفتن به تیمی است که لااقل شانس بیشتری برای بازی داشته باشد.