برای هواداران باشگاه استقلال این سؤال مهم مطرح است که علی امیری که همچنان بهعنوان معاون در این باشگاه فعالیت میکند آیا حقیقتاً موافق حضور نکونام در باشگاه استقلال است یا اینکه با حضور این مربی مخالفت کرده است؟ رفتار نه چندان واضح امیری در دوران حضورش در استقلال همواره محل ابهام بوده تا چنین سؤالات مهمی به وجود آید.