خلاص شدن از کانسلو و بازسازی تیم
گواردیولا هرگز از کنار گذاشتن ناگهانی بازیکنان بزرگ از تیم‌هایش ابایی نداشته است. او این کار را درمورد رونالدینیو و دکو بلافاصله بعد از پیوستن به بارسا انجام داد و سپس در مورد زلاتان ابراهیموویچ نیز بعد از یک فصل چنین کاری کرد.
این فصل، ژوائو کانسلو بازیکنی بود که پپ احساس کرد باید از تیم حذف شود. مدافع پرتغالی یکی از بهترین بازیکنان سیتی طی دو فصل گذشته بود اما وقتی از ترکیب اصلی بیرون گذاشته شد رفتار خوبی از خود نشان نداد. روزنامه تایمز در این مورد نوشت کانسلو وقتی از ترکیب تیم کنار گذاشته می‌شد «مثل یک بچه» رفتار می‌کرد و حتی هنگام جلسات تاکتیکی تیم هدفون روی گوش خود می‌گذاشت. گواردیولا خیلی سریع وارد عمل شد و او را به بایرن مونیخ قرض داد، حتی با وجودی که قرار بود تیمش با بایرن مونیخ در لیگ قهرمانان بازی کند و این کار می‌توانست به تقویت حریف منجر شود. سیتی در بازی رفت یک چهارم نهایی لیگ قهرمانان، بایرن مونیخ را 3-صفر شکست داد و کانسلو حتی در ترکیب اصلی هم قرار نگرفت.
گواردیولا در پایان فصل گذشته هم گابریل ژسوس، اولکساندر زینچنکو و رحیم استرلینگ را با رقم‌هایی مناسب به تیم‌های رقیب یعنی آرسنال و چلسی فروخت، بازیکنانی که تمایل داشتند حضور بیشتری در ترکیب اصلی داشته باشند. هر سه بازیکنان باکیفیتی بودند اما با تجدید قوا و بازسازی تیم، گواردیولا به همه نشان داد که هیچ‌کس با دیگری برای او فرقی ندارد.